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单证准备与合规性把控是旧设备报关首要难点。旧设备需额外提供装运前检验证书（CCIC）、制造年限证明等专项文件，旧设备报关时，部分重点旧机电产品还需提前办理进口许可证。各类单证中设备型号、生产年份、原产国等信息需完全一致，一旦出现数据矛盾或文件缺失，极易导致申报延误，甚至被驳回重办。
商品归类与审价争议构成核心挑战。旧设备功能差异大、部分经过改装，精准判定HS编码难度较高，归类错误可能引发监管条件不符或税费核算偏差。同时，海关对旧设备报关申报价格审核严格，若无法提供合理的折旧证明、付汇凭证等价格依据，易被认定为申报不实，需面临补税或重新估价的风险。
现场查验与合规性判定难度较高。旧设备因使用磨损存在外观、功能差异，海关需核查设备实际状态与申报描述是否一致，重点排查安全隐患、环保指标是否达标。旧设备报关过程中，若设备存在部件缺失、锈蚀严重等问题，可能被质疑为“不可用状态”，甚至面临被判定为固体废物而退运的风险，查验配合与沟通难度远超新设备。